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miRNA系列衍生篇

上期我們給大家介紹了miRNA的SNP，核心思想其實(shí)就是miRNA的一個(gè)堿基變異后，會(huì)影響到miRNA本身的功能，從而影響下游。這期小鹿開門見(jiàn)山，這期介紹的核心思想是基因3’UTR區(qū)域發(fā)生突變，從而影響miRNA與基因的結(jié)合，導(dǎo)致基因的調(diào)控異常。

這次給大家介紹的文章是2017年發(fā)表在 Scientific Reports（簡(jiǎn)稱SR，目前JCR1區(qū)）上的一篇文章。

在這篇文章之前，研究人員首先是發(fā)現(xiàn)FZD4的SNP與早期非小細(xì)胞肺癌病人的生存相關(guān)，是一項(xiàng)臨床研究，文章于2013年發(fā)表在Cancer research上，有興趣的同學(xué)可以去看看（所以，大家可以先做個(gè)臨床的研究發(fā)一篇文章，完了可以再做個(gè)基礎(chǔ)的發(fā)篇文章）。

在SR的研究中，研究人員先是確定了rs713065上的T > C的變化對(duì)FZD4基因表達(dá)影響。這里他們是將包含rs713065的變異（C）和野生型（T）等位基因的FZD4 3’UTR克隆到綠色熒光蛋白（GFP）報(bào)告質(zhì)粒中，通過(guò)觀察熒光強(qiáng)度來(lái)判斷SNP有沒(méi)有對(duì)FZD4的表達(dá)造成影響。A-E圖的結(jié)果都表明，發(fā)生T > C的SNP變異后，熒光強(qiáng)度（A-C）、FZD4的mRNA表達(dá)量（D）和FZD4蛋白量（E）都顯著的下降了。

對(duì)于上面的現(xiàn)象，作者用PCR發(fā)現(xiàn)是rs713065（C）介導(dǎo)了FZD4的mRNA的分解。在下圖的結(jié)果中，可以觀察到在SNP型（C）中存在mRNA被切斷后的碎片，但在野生型（T）中則不存在那些碎片。

作者分別建模分析miRNA與FZD4的線性和二級(jí)結(jié)構(gòu)之間的interaction，比較野生型和SNP型之間的差異后，預(yù)測(cè)的結(jié)果顯示miR-204與發(fā)生變異后的3’UTR區(qū)有著更高的親和力，有超過(guò)14個(gè)連續(xù)的互補(bǔ)核苷酸，自由結(jié)合能相對(duì)更低，也就是說(shuō)相比野生型，變異后的SNP能更好的結(jié)合miRNA。

然后他們假設(shè)miR-204能真的結(jié)合FZD4基因包含等位基因“C”的3’UTR區(qū)域，并且在實(shí)驗(yàn)結(jié)果中發(fā)現(xiàn)miR-204真的會(huì)降低FZD4的表達(dá)，而且在SNP變異型中FZD4的表達(dá)量會(huì)降低得更多一些。研究者也用PCR證明，內(nèi)生性的成熟miR-204與FZD4的表達(dá)是呈顯著負(fù)相關(guān)的。

以上的結(jié)果總的來(lái)說(shuō)就是證實(shí)了這個(gè)SNP變異型存在表達(dá)和調(diào)節(jié)上的特殊性，“我們不一樣！”。而關(guān)于這個(gè)SNP變異型的表型和機(jī)制研究，那就是比較套路化的了，上過(guò)酸菜老師《36策》的同學(xué)一定不會(huì)感到陌生。

首先他們發(fā)現(xiàn)這個(gè)SNP變異體rs713065(C)會(huì)抑制肺癌細(xì)胞的克隆形成和轉(zhuǎn)移。

最后的機(jī)制部分，可以通過(guò)熒光實(shí)驗(yàn)結(jié)果發(fā)現(xiàn)Wnt和FZD4之間是存在相互作用的。而B圖中可以看到FZD4-SNP變異體的熒光強(qiáng)度明顯低于野生型。隨后他們也在信號(hào)通路圖中也進(jìn)一步證明SNP變異體rs713065(C)是通過(guò)下調(diào)FZD4來(lái)調(diào)節(jié)Wnt信號(hào)通路的。

好了，以上就是小鹿說(shuō)的關(guān)于miRNA的SNP衍生出來(lái)的一個(gè)研究方向，不同的是這個(gè)SNP不發(fā)生在miRNA上，而發(fā)生在于miRNA結(jié)合的3’UTR區(qū)域上。

到此為止，小鹿說(shuō)的“2個(gè)正面的角度和一個(gè)衍生的角度”也都給大家介紹完畢了。應(yīng)該就有同學(xué)想問(wèn)了，你告訴我們這些了，可是有什么用呢？還不是不知道到哪里去找這樣的SNP。別著急，所謂好人做到底，送佛送到西，小鹿在這個(gè)系列里會(huì)給大家介紹兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，供大家享用。

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